Se ubica en un monumento histórico, cuya construcción inició en 1797 y concluyó en 1809. Se trata de una imponente obra de arquitectura neoclásica, con un diseño sencillo, pero de técnica impecable. Por su monumentalidad refleja la bonanza guanajuatense de finales del siglo XVIII. La Alhóndiga de Granaditas es un símbolo de la Independencia de México debido a la batalla que allí se libró el 28 de septiembre de 1810 y encarna, con la figura de Hidalgo y otros héroes, la soberanía y libertad de la nación mexicana. Esta significación histórica quedó plasmada en los murales que pintó José Chávez Morado en 1955 y 1966, en los que el artista guanajuatense describió el proceso virreinal hasta su derrumbe, con lo que se acentúa el carácter cívico del inmueble y su valor cultural. Por la vocación histórica del edificio fue inaugurado como museo en junio de 1958.