Fue fundado en 1992 tras un profundo proceso de investigación y acercamiento al repertorio de los siglos XVII y XVIII. Su objetivo es interpretar la música barroca con autenticidad histórica, utilizando instrumentos originales o réplicas fieles, empleando el lenguaje y la retórica propios de la época. 

En su trayectoria, el grupo ha mantenido una intensa actividad artística en templos, capillas, salas de concierto, así como en festivales dentro y fuera del estado de Guanajuato. Destacan sus participaciones en el FIC, el Encuentro Internacional de Música Antigua del CNA, el Festival de Música Barroca y Antigua de San Luis Potosí y otros encuentros de renombre nacional. 

La Capella Guanajuatensis ha contado con el respaldo del Fondo para la Cultura y las Artes del Estado de Guanajuato. En 2017 obtuvo el reconocimiento “Orgullo Guanajuato FIC” y recibió la presea Eugenio Trueba Olivares por su destacada labor artística.